上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

在Matirx的整个故事里面，一开始最让我费解的就是Neo，Smith和先知的关系问题了。虽然在第二部Neo面见建筑师的时候，建筑师给Neo简单介绍了一下先知的身份和功能，但是仍然是语焉不详，更是没有提到意外出现在神秘层里面的Smith。我认为，只有搞懂了这个问题，才能说是真正看懂了Matirx.

这个问题的一大部分答案存在于Neo和建筑师见面的这一段，这一段也可以说是整部Matirx里面信息量最大的一段了。现在开始，就让我们逐字逐句地解析这一段。

1.“虽然那进程改变了你的意识，你依然是无可改变的人类”

什么进程？建筑师的这句开场白常常被人忽略，但它却指出了一个重要的事实：有一个进程，或者说有一个程序对Neo产生了深刻的影响。这里建筑师所指的不可能是崔妮蒂或者先知，因为崔妮蒂和先知影响Neo的方式都可以说是感性的，“人性”的，如果建筑师所指的是她们对他的影响，那么就不可能说出“你依然是人类”这种话。那么，建筑师所指的意思就很明显了：他说的是Smith。Smith原本作为Matrix的一个探员，完全是依照系统指令行事，没有自己的独立思维，也可以说是完全没有“人性”的，而在第一部他杀Neo和Neo杀他的过程中，他和Neo的代码互相交换了一部分，Smith的自我意识觉醒，开始成为病毒肆意复制；而这种作用也是相互的，Neo身上也带上了一部分Smith的代码，但这部分代码并没有影响到Neo作为人的本性。

建筑师在这里提到Smith，显然他是知道Smith的存在的。既然如此，他不可能不清楚Smith将来必成大患。那么，全能的建筑师为什么不直接把Smith程序从Matrix中抹除掉呢？而且，遗留在Neo体内的Smith代码到底有什么作用呢？不急，我们后面会说到。

2.“你是系统异常的一个余数之和…你无疑已经汇总分析过了，这个异常是系统性的，甚至会在最简单的方程式里造成波动。”

这就解释了为什么Neo能拥有诸多的超能力，以及为什么Neo会对Smith的程序造成这么大的影响。简而言之，Neo就是这个系统所有BUG的一个合集。对所有的系统来说，他都能利用系统漏洞来“开挂”。

3.“如果我是母体之父，那么她无疑就是母体之母。…她无意中找到了解决方案，近99%的对象接受了母体，只要他们被给予了选择，虽然这种选择可能是无意识的。”

建筑师在形容先知时，使用了“母体之母”这样的形容，把先知放到了与他同等重要的位置。他为什么要这么说？在Matrix的世界里，他就是神，就是god，但也有他不能控制的方面，就是连入母体的全体人类的思维和心智。通过建筑师的描述，我们也知道前两代母体因为没有好好考虑人类精神方面的问题失败了，因此，一个直觉程序（就是先知）偶然间发现母体不能用强制的方法来引导人类的思想，而是需要提供一个环境，更少的控制，更多的自由，这样人类才不会出问题。

先知的招数高明的很。关键是“选择”，没错，但是选择什么呢？其他很多影评已经说的很明白了，那就是Zion和Matrix一样，都是虚拟世界！从这里开始，人类主要分为了三批。第一批是完全不知道Matrix是虚拟世界的人，他们仍然开心地每天过着平凡的日子，也就是“无意识”中选择了母体；第二批是那些感觉到Matrix有些不对劲的人，这时候先知就出现了，她提供了一个孔道，让他们来到貌似“真实”的Zion世界，从此这批人也老老实实去建设Zion不闹事了；第三批就是像电影第一部里叛徒小光头那样两边都感受过的，最终还是觉得Matrix过的爽，自愿被消除记忆回到Matrix，也就是“选择”。这相当于给了人的思维一个缓冲的空间，让所有人都自以为已经了解到真相，日子有了希望，但是真正的真相还远远没有被揭露。

当然，对于第二批人来说，他们相信自己需要解放那些还在Matrix里面受苦的广大同胞，于是时不时就有些人在两个系统里面来回穿梭不停闹事。系统虽然稳定，但是也禁不住这样的搅和，于是，系统还是要时不时进行一些小小的干预，探员就是来解决这些社会不安定因素的。

4.“救世主的功能，就是在这个时候回到代码之源，允许你身上携带的代码暂时扩散，并把你身上的数据重新输入主程序。之后，你会被要求从母体中选择23个个体…去重建锡安”

但是，无论怎么做，Zion里面的人数还是会不断上升，一步步地威胁到Matrix的安全。所以，每隔一段时间，建筑师就要“割麦子”，把Zion系统清空，再让救世主重新开一个档，如此循环，周而复始。

5.在Neo和建筑师谈话的尾声，建筑师给了Neo两个选择：追寻爱情去救崔妮蒂，或者“拯救人类”。

这就是Neo和建筑师对话的主要内容，综上所述，我们至少可以得出三个结论：

① 建筑师明确知道Smith的存在，并且留着他还有用。

② 先知和建筑师的目的是一致的，都是为了更好地控制人类

③ Neo和崔妮蒂的感情是在建筑师掌握之内的

为什么还要给一个傻子都知道Neo会怎么选的二选一？唯一合理的解释是，其实让Neo去救崔妮蒂才是系统（或者说先知）的本意，假如Neo真的选了拯救人类，那么一切轮回，就当这个档废掉了，下次让Neo二号再来选。

再加上第三部里Smith那句“你早该知道，老妈”，一句话就点破了先知和Smith之间的关系：Smith的出现纯属偶然，但是是先知把这个已经被系统检测出来的BUG程序保留了下来，让他“重获新生”。

归根结底，所有的这一切都是建筑师和先知联手设下的圈套，或者说是一次相当冒险的“实验”。目的就是为了测试人类的感情和面临重大抉择时候的反应，而且抉择的内容必须和机器有关系，否则对于电脑人来说也就没有参考价值。其实Neo在自己空手干死机械章鱼和瞎眼看东西的时候就已经知道这一切只不过是电脑人设下的另一个局，他是所有人类中唯一一个理解建筑师和先知布局的人，但是为了爱情，为了保住Zion中所有他熟识的人的姓名，他不得不陪着电脑继续把这局游戏玩下去。

至于Smith的灭亡，则几乎已经是注定的了。Smith的本质就是把所有接触到的生物的代码改写成他自己的，一旦被系统获取到自己的源码，那么系统就会利用源码把所有的Smith一次性干死。而且之前被Smith所覆盖的代码也可以得到恢复，这就解释了影片最后塞里夫、沙帝和先知的重新出现。Neo是唯一一个没有被Smith完全覆盖却仍然携带着Smith源码的人，所以建筑师利用他来消灭Smith也是必然的。但是Neo的代码和Smith的部分代码早已经融合，所以最后他的思维作为一个载体也被过量的信息所摧毁，悲壮。