平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印する。しかし、ゴクアークは封印される一瞬の隙を見て闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界に遣わした。学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを見つけた虎太郎と友達の風祭鷹介、流崎力哉の三人はエルドランの願いにより、ガンバースーツで超能力を身に着けたスーパーヒーロー・「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となり、否応なしにヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界の生物・魔界獣と戦うことになるが、ヤミノリウスに「誰かに正体がバレると犬になる呪い」をかけられてしまった。かくして虎太郎たちは、呪いで犬になってしまった藤兵衛（ゴン）を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送る羽目になったのである。近所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が大魔界の秘密を記したという巻物には、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が書き残してあった。そしてブタネコとヤミノリウスも交えた巻物争奪戦の末、ついに三大魔王であるゴクアーク、レツアーク、サイアークが蘇ってしまい…？

忍者元素···我只想说干巴巴 而且整天担心自己的身份曝光 这 这 前作那可是全班上战场的感觉 现在是三个人偷偷摸摸的 搞地下活动，人物三主角，，反正现在看13集是不喜欢 反派怪 可能是传统 可是我还是想说 教室里面的法师 头上扣个瓶智商还是上不去 23集看完这 反派 昆虫 水族的 后来是动物 现在死的东西，，，你有没有能坚持时间长点的 元气 就是年轻 所以动画看起来比前作更低龄化 1是看起来好玩2是吸引 新公众 怕老公众退场 又用老人物客串 唉你们累不累啊，33集看完 我发现这动画的乐趣 就是反派每次捣乱的花样，47集看完 后期还是挺有趣的 结局还是有几个小问题的 三魔王的设定 有点突然 战力上这样结局是合理的 就是他们三最终boss 突然出现有点怪 还有反派又洗白了，，，好吧 看他整天干那些事，，不洗白也没啥前途 三女主抱狗这片段 铺垫了好长时间 可是真的看见 我感觉 狗比人 讨喜，最后主角们去决战 其他人都不让他们去，，地球都快没了 可是这群人的台词 唉 你们觉得合理 就合理吧。