故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

所有日本动画片里，小新可以说是一直都是我的心头好。明线看上去是小新的忍者之旅，其实这部剧的暗线我个人觉得是母亲，是“一位母亲为了让自己的孩子过上快乐的平常日子而另一位母亲无论如何都要找回自己的孩子”而带出来的故事，很多小细节特别戳我，比如妮妮最后忍术出的动物离谱但又很合理，比如突然出现又消失的帅哥，再比如小新丢弃的衣服。小新在忍者村路上走着的时候，吃着被压扁的饭团，看着一盏一盏亮起的路灯，对着没电的手机说着爸爸的时候，我好难过哦，平时的小新这个时候应该跟防卫队的成员们说着拜拜一边跑回家，对妈妈说又不带小白散步的教训置若罔闻的说着你回来了。但是这天这些东西没有一个出现了，所以小新的梦里才会出现他至今五岁的生命里所习惯并爱着的记忆吧。其实我觉得这一部有大人帝国的影子，熟悉小新的人看起来剧情大纲可能会有一点老套，可是我还是泪汪汪，尤其是回忆杀那里，我真的太喜欢群像了，每一个声音真的都是陪了我好久好久。就是那种习以为常到默认为应该的人和关系其实当你站在第三人称去看的时候就会发现他们早就成了生命里的一部分。可能因为习惯或者没法开口表白，但从一些小细节又可以发现藏不住的关心。而且小新穿忍者服从背面看真的好像肥嘟嘟左卫门噢！