影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多，由巴托工业的老总巴托先生抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽的贝斯·洛根坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。

导演两次提到狗，都表达出浓烈的对人的憎恶，里头的人除了男女主角以外，对作为实验品的狗毫无怜悯之心，其实里面的人大多对于所有实验品，包括半人的主角都没有一点的同情，没有一丝一毫作为人的基本的善良。导演借这些人的嘴脸，揭露了万恶的资本主义社会以金钱为追逐目标的社会与人的丑恶嘴脸，大概以金钱作为人生目的人，除了对待钱时候表现出人性以外，对待其他都不会表现出人性吧。导演怀疑资本主义社会是否社会的进化，相比以前的社会，人性还是那么丑陋，甚至更丑陋。