公元2035年，人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭，大部分人类都在这场病毒灾难中死亡，只有少数人侥幸逃生，但也只能在阴暗的地下，苟且偷生。　　科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔(布鲁斯·威利斯BruceWillis饰)被挑选为志愿者。阴差阳错，科尔回到了1990年，当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时，被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉（玛德琳·斯通MadeleineStowe饰）诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脱，回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历，科尔再次被派回了1996年。　　科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城，他找到了医生凯瑟琳，二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!

如果没看懂会觉得处处充斥着bug，讨论最多的是改变历史论和时间旅行中经典的祖父悖论。因为绝大多数观影者的主观意识一直停留在布鲁斯威利斯身上，观影的时间动线也是跟着男女主角在走，因此很容易忽略掉这部电影的一些重要信息。

实际上影片有一条暗线自始至终都没有很直白的告诉观众——即未来真正的统治者是影片中科学家们，男主只是计划中的一部分，所以要确保他只能按照科学家的计划行动。在不改变历史的情况下，溯源病毒，解救未来的人类，从而稳固自己的政权。

影片一开始可以看出，未来的科学家已经掌握了法制权利。他们可以决定一个人是否有罪，剥夺一个人的自由，扔进铁笼子里，甚至有权利合法的剥夺他人生命。这个时代没有政客，政客无法保证幸存者的生命。此时人们信奉的是医学和科学，因此曾经救死扶伤的医护人员成了这个时代的救世主。在这个时代下，阶级的交替因为病毒肆虐的背景而发生了质的变化，曾经救死扶伤的医学专家，替代了和平年代画大饼的政客，乱世之下大饼已经不重要了，活着比什么都重要。因此，科学家成了这个时代的统治阶层。有了阶层自然就有了权益，为了稳固自己的阶层，需要对人类幸福谋求福祉，也就有了派出男主溯源病毒拯救幸存者一说。

这里有个前提——稳固阶层，划重点！自古统治者都在做的同一件事，就是稳固阶层。那么问题来了，如果历史被改变，世界安然无恙，科学家成为统治者的背景可能就不会成立！因此科学家从一定程度上来说是希望病毒被释放的，或者说他们不希望历史被改变的。这里在影片的最后会有交代，也就是派男主最开始的狱友过来设计害死男主，但同时未来的人并没有去阻止专家助手释放病毒。

如果理解了这个前提，影片想表达的东西理解起来就顺理成章了。

另外，男主其实是改变过历史的，第一次穿越，通过回忆看到在机场释放病毒的是皮特。但是最后，还是黄夹克马尾辫，转头过来却变成了助理，这说明历史是被改变过的。这就违背了科学家的初衷，他们要确保历史不被改变。所以第一次穿越回来，科学家们责怪男主没有好好完成任务。他们要确保穿越回去的人服从命令，并且不犯错误。比如一开始科学家就说，很多人意志薄弱，没有完成任务。就像拔掉牙齿的流浪汉，他是躲避了科学家的追踪，在过去的时光里苟活。主角也是最后时刻也想留下和女主温存，打完电话科学家就直接派人设计把你咔嚓了。