漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

…………动作戏太多，另外本片跟香港片一样，警察真无知，最后一幕戏动静那么大，鱼鹰直升机都上场了，黑衣组织真有钱，2009的时候被柯南打掉一架阿帕奇，2016又被打掉一架鱼鹰，日本航空自卫队都是吃干饭的，打完了还没动 另外柯南的挂什么时候才到期，背背佳都可以承受如此大的冲击力，超越物理学极限博士你这么NB怎么不去拿诺奖，还愁着没钱用?