就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。　　小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。　　一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千...

河童，一种出现在日本神话中的生物，集鸟喙、蛙腿、猴身、龟壳于一身的神奇动物。故事要回到日本江户时代，老河童因生存的栖息地要被抢占去找人类谈判，而卑劣的武士却担心自己私下的罪恶交易被偷听到将其残忍杀害，逃命的小河童幸遇地震被封印于地下沉睡百年得以穿越来到现代。后被小男孩在河边误以为是乌龟化石并带回家中，就此开始了短暂的欢乐时光和逃亡之路。本片无处不在讽刺人类利益熏心对环境破坏和对其他生物的杀戮，或许人类愈发孤独亦是源于自身的恶行吧。