ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。　　地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。　　テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。　　白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が出現する。　　激しい戦闘の中で次々と乗組員たちが戦死していく。古代たちは都市帝国内部に侵入して動力炉を破壊する。しかし、その都市帝国の内部から超巨大戦艦が出現する。エネルギーも殆ど尽きているヤマトを嘲笑するズォーダー大帝に向かい、古代は徹底的に戦う事を告げる。　　ある決意を固めた古代は、生き残った数少ない乗組員をヤマトから退艦させ、超巨大戦艦に向けヤマトを発進させる。そこにテレサが現われ、ヤマトとともに超巨大戦艦に向かう。ヤマトは、やがて一筋の閃光を残し、宇宙に消えた。

短评装不下于是顺便挪到这里来... 略微复杂的故事架构 究其第二部剧场版票房神话背后的原因，除了凌驾于第一部更加恢弘史诗的故事背景外（直接从拯救地球上升到拯救宇宙），略微复杂的故事架构是最主要的：不同于第一部地球濒临灭亡，宇宙战舰大和号临危受命，再到拯救地球这种十分简单的单线故事，第二部一开始就可以说为观众设置了悬念，一个在宇宙中不断飞行摧毁其他行星的未知的白色彗星，这时作为动画人物代表地球的人类还是什么都不知道的。 其实看剧场版标题【再见了，宇宙战舰大和号】就可以猜到，这次宇宙战舰大和号不再是一如以往拯救地球的回归之旅，而买的是一张挑战不明敌人拯救宇宙的单程票。 饱满鲜活的配角 虽说第二部走的还是爱，友情，勇气的这种路数，但人物塑造第二部已经可以说完全立体化了——直接从第一部冲田舰长是核心人物的偶像剧上升到群像剧。第一部里面遇到危机全员摆POSE回头看冲田舰长，再次遇到危机还是全员摆POSE回头看冲田舰长，所以最后冲田舰长压力太大病倒了。而第二部的配角牺牲一个比一个壮烈，涉及到剧透就不多说了。 实力强大谜一般的反派BOSS 剧场版第一部由于剧情单一，所以不得不在花样繁多的战斗场面上下功夫，战斗场景也基本以宇宙战舰大和号为主，到了第二部战斗场景虽然华丽到爆但是战斗场景却非常单一，然后战斗不再以大和号为主，增加了许多实景攻防战的场面用来突出角色，比如攻占泰瑞莎德行星时空降奇兵队里面一个人单挑装甲车的斋藤，还增加了和敌方首领两人肉搏的场面，看的很过瘾，斋藤真心猛男啊...说了这么多无非是想表达第二部剧场版的战斗场景之所以不那么复杂是因为全部戏份都用来描绘这个三段变身BUG一般的BOSS了，实在是太牛了...现在看都是掉下巴的节奏，这种无论怎么努力也打不倒的强大反派给观众所带来的绝望感可以说是当时所有动画都不具备的。 神话般的结局 归根结底，除了浪漫，就是怀念了。无它。只有诸位自己体会了。